Vortex Gaming

· 広田雅美は父親の失踪を依頼するため、有名な探偵事務所を訪れます。コナンは誤って雅美の時計に発信機を取り付けます。
· 雅美の父親は発見されますが、数日後、自殺に見せかけた他殺であることが判明します。事件現場からは雅美の眼鏡が見つかります。
· コナンは発信機を頼りに雅美を追いますが、賭博場で大柄な男と遭遇します。その後、その男が雅美の時計をしていたことを推理します。
· コナンは、雅美、彼女の父親、大柄な男が10億円を盗んだ4人組の強盗であり、雅美が仲間を殺害したことを推理します。
· 雅美は実は宮野明美で、黒の組織から自分と妹を脱出させるために10億円を盗んでいました。
· 明美は黒の組織のジンに撃たれて死にゆく中、コナンに自分が飲んだ薬と黒の組織に関する手がかりを残します。コナンは自分を小さくした組織がこの事件の背後にいることを確信します。

· 毛利の友人の結婚式に出席するため列車に乗ったコナンは、通路で自分を小さくした黒の組織のジンとウォッカに偶然遭遇します。
· コナンは彼らが自分に気づかないことを利用して盗聴器を仕掛け、会話を盗み聞きします。
· ジンとウォッカは、列車に爆弾入りのカバンを取引相手に渡したという話をして列車を降ります。
· コナンは爆弾を見つけて解体し、黒の組織の残忍なテロ行為に憤慨します。

· ゲーム新作発表会で、コナンは黒いスーツを着た大柄な男、テキーラに遭遇します。
· テキーラがジンとウォッカに連絡するのを盗み聞きしたコナンは、彼の靴に盗聴器と発信機を取り付けます。
· しかし、テキーラはトイレで爆発に巻き込まれて死亡し、コナンは黒の組織に関する手がかりをあっけなく失います。
· コナンはテキーラの取引相手を見つけ出して爆破事件を解決し、彼が黒の組織に渡そうとしていた情報が全世界のコンピュータープログラマーのリストであったことを突き止めます。
· その後、黒の組織との待ち合わせ場所だったカフェまでもが爆発し、コナンは組織の周到さと残虐性に改めて驚愕します。

· コナンの学校に灰原哀という転校生がやってきます。灰原はためらうことなくコナンの隣の席に座り、コナンの本当の家の住所の近くに住んでいると言って意味深な笑みを浮かべます。
· 少年探偵団は失踪した兄を探してほしいという依頼を受け、この事件が偽札製造と黒の組織と関連していることをコナンが推理します。
· 偽札製造現場で少年探偵団が危険に陥ると、コナンと灰原が活躍して犯人たちを制圧します。灰原は手慣れた様子で銃を扱う姿を見せます。
· 警察はこの事件が黒の組織とは無関係な銀狐組の仕業だと発表しますが、灰原はコナンに自分が作った薬「APTX4869」を知っているかと尋ねます。
· 灰原は自分がその薬を飲んで体が小さくなったこと、そして自分のコードネームはシェリーだと明かし、コナンの正体を知っていることを示します。
· 灰原はコナンの本当の家の隣、つまり阿笠博士の家に住んでいることを告げ、博士がもう電話に出られないだろうと言ってコナンを衝撃に陥れます。