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· 히로타 마사미는 아버지 실종을 의뢰하며 유명한 탐정 사무소를 찾아옵니다. 코난은 실수로 마사미의 시계에 위치 추적기를 부착합니다.
· 마사미의 아버지는 발견되지만, 며칠 후 자결한 것으로 위장된 타살로 밝혀집니다. 사건 현장에서 마사미의 안경이 발견됩니다.
· 코난은 위치 추적기를 통해 마사미를 쫓지만, 도박장에서 거구의 남자와 마주칩니다. 이후 그 남자가 마사미의 시계를 차고 있었음을 추리합니다.
· 코난은 마사미, 그녀의 아버지, 거구의 남자가 10억 엔을 훔친 4인조 강도이며, 마사미가 동료들을 살해했음을 추리합니다.
· 마사미는 사실 아케미 미야노(안제이)로, 검은 조직에서 자신과 동생을 빼내기 위해 10억 엔을 훔쳤습니다.
· 아케미는 검은 조직의 진에게 총을 맞고 죽어가며, 코난에게 자신이 마신 약과 검은 조직에 대한 단서를 남깁니다. 코난은 자신을 작아지게 만든 조직이 이 사건의 배후임을 확신합니다.

· 유명한의 친구 결혼식에 참석하기 위해 기차에 탄 코난은 복도에서 자신을 작아지게 만든 검은 조직의 진과 워커를 우연히 마주칩니다.
· 코난은 그들이 자신을 알아보지 못하는 것을 이용해 도청기를 설치하고 대화를 엿듣습니다.
· 진과 워커는 열차에 폭탄이 든 가방을 거래 상대에게 넘겼다는 이야기를 하고 열차에서 내립니다.
· 코난은 폭탄을 찾아내 해체하며, 검은 조직의 잔혹한 테러 행위에 분노합니다.

· 게임 신작 발표회에서 코난은 검은 양복을 입은 거구의 남자, 데킬라를 마주칩니다.
· 데킬라가 진과 워커에게 연락하는 것을 엿들은 코난은 그의 신발에 도청기와 발신기를 부착합니다.
· 그러나 데킬라는 화장실에서 폭발에 휘말려 사망하고, 코난은 검은 조직에 대한 단서를 허무하게 놓칩니다.
· 코난은 데킬라의 거래 상대를 찾아내 폭파 사건을 해결하고, 그가 검은 조직에게 넘기려던 정보가 전 세계 컴퓨터 프로그래머 명단이었음을 알아냅니다.
· 이후 검은 조직과의 약속 장소였던 카페마저 폭발하며, 코난은 조직의 치밀함과 잔혹성에 다시 한번 경악합니다.

· 코난의 학교에 하이바라 아이(홍장미)라는 전학생이 옵니다. 장미는 망설임 없이 코난 옆자리에 앉고, 코난의 진짜 집 주소 근처에 산다고 말하며 의미심장한 미소를 짓습니다.
· 탐정단은 실종된 형을 찾아달라는 의뢰를 받게 되고, 이 사건이 위조 지폐 제작과 검은 조직과 연관되어 있음을 코난이 추리합니다.
· 위조 지폐 제작 현장에서 탐정단이 위험에 처하자, 코난과 장미가 활약하여 범인들을 제압합니다. 장미는 능숙하게 총을 다루는 모습을 보입니다.
· 경찰은 이 사건이 검은 조직과 무관한 은여우파의 소행이라고 밝히지만, 장미는 코난에게 자신이 만든 약 '아포톡신 4869'를 아느냐고 묻습니다.
· 장미는 자신이 그 약을 먹고 어려졌으며, 자신의 코드네임은 쉐리라고 밝히며 코난의 정체를 알고 있음을 드러냅니다.
· 장미는 코난의 진짜 집 옆, 즉 아가사 박사님 댁에 살고 있음을 말하고, 박사님이 더 이상 전화를 받을 수 없을 것이라고 말하며 코난을 충격에 빠뜨립니다.